El 1º de Octubre de 1945, en el caserón de Las Delicias, con la asistencia de 32 alumnos inscritos para cursar el Primer Grado de Educación Primaria, luego de la bendición impartida por el Obispo Godoy, inició formalmente sus actividades el nuevo Colegio, teniendo por Patrono a San Luis Gonzaga y bajo la maternal protección de la Madre de Dios bajo la advocación de Nuestra Señora  del Buen Consejo.

    El Gonzaga ha ido evolucionando sin perder su identidad jesuítica. El Colegio ha tenido tres sedes que corresponden también a tres épocas diferenciadas: La primera, la fundacional, de las Delicias que albergó una población escolar únicamente de varones de la más variada condición social y con un personal docente casi exclusivamente jesuita al cual, en 1954 se incorporaron para asumir los cursos comprendidos desde Kinder hasta Segundo Grado, las Hermanas Esclavas de Cristo Rey siendo la primera Superiora de la Comunidad la Reverenda Madre Galar. Esta etapa abarca los años 1945 a 1966 y en ella el Colegio ofreció todos los cursos de la Educación Primaria y Secundaria, egresando bachilleres en las especialidades de Ciencias y Humanidades.

    Segunda etapa. En 1966, finalizado el año escolar, se presenta la oportunidad de mudar el colegio a la avenida El Milagro y adquirir lo que fue la sede de la Mene Grande Oil Company. Los espacios de la nueva sede no podían ser mejores. Amplio terreno, edificaciones adaptadas al clima tropical, 500 metros de playa lacustre, vías asfaltadas y abundancia de árboles y cocoteros. Aquí el personal docente laico aumenta y el Gonzaga se convierte en colegio mixto en un comienzo en las secciones de Humanidades y ya para 1975 lo es a partir del Tercer año de Bachillerato. La población escolar, determinada por la zona donde el colegio se ubicó, fue cada vez más, perteneciente a la clase social con mejores recursos de la ciudad.

     Pero durante el período de El Milagro, 1966 a 1975, la Compañía de Jesús vive importantes cambios. Se realiza la Congregación General XXXII de la Orden y en ella se aprueba la “Opción preferencial por los Pobres”. La comunidad de jesuitas del Gonzaga entra en un período de discernimiento y después de muchas discusiones  y oración, hacen llegar a las familias de los alumnos y alumnas la noticia de que el Colegio Gonzaga deja a partir del año escolar 1975- 1976 la sede ubicada en la Avenida “El Milagro” para establecerse en el corazón de los Barrios San José y Cañada Honda. No obstante, se dio la oportunidad de seguir estudiando en la nueva sede a quienes quisieran hacerlo. En este punto comienza lo que se puede llamar tercera etapa del colegio.

     Las actividades en la sede del Barrio San José comenzaron, aun con el colegio en construcción, en Octubre de l975 siendo Director el P. Sebastián Altuna. A partir de ese año escolar dejan el colegio las Hnas. Esclavas de Cristo Rey y su lugar lo asumen las Hnas. Misioneras de Jesús.

    Son más de 60 años los que el Gonzaga lleva laborando en esta tierra marabina. Por sus aulas han pasado miles de muchachas y muchachos a quienes se ha ofrecido la oportunidad de recibir una educación de calidad y una formación cristiana impregnada por la cercanía en la relación alumno-docente. Hoy en día los exalumnos gonzaga están dispersos por toda la tierra desempeñándose en las más variadas actividades del quehacer humano; algunos de ellos se destacan en el campo científico, tecnológico, político, eclesial, educacional etc. Entre los egresados se cuentan, Arzobispos y Obispos, médicos pioneros en trasplantes de riñones, investigadores de  la vacuna contra el SIDA, el primer Gobernador del Zulia electo por el voto popular, un Presidente del Congreso Nacional, artistas plásticos, gente de reconocida fama en los medios de comunicación, Rectores de universidades, educadores de los distintos niveles, sacerdotes, religiosos y religiosas; en fin, mucha gente buena que se esfuerza para hacer realidad en la actividad de cada dia el lema que escogieron nuestros fundadores: VIRTUTE NOBILIS, gonzagas nobles por la virtud, con un gran deseo de AMAR Y SERVIR para MAYOR GLORIA DE DIOS.